Перед пользованием стандартной инструкцией обновления необходимо проделать дополнительные шаги, для того, чтобы обновление встало корректно и без проблем.

В публичной части сайта необходимо удалить следующие файлы:
/404.php
/include/index/wide.php
/include/index/narrow.left.php

После этого воспользоваться стандартной инструкцией

1. Сделать резервные копии
2. Обновите модули "intec.core" и "intec.constructor" (Если имеется)
3. Загрузите обновления с Маркетплейс через административную часть сайта
4. Зайдите в список мастеров (Администрирование - Настройки - Настройки продукта - Список мастеров)
5. Выберите мастер "intec.universe" в списке и нажмите "Удалить"
6. После перезагрузки страницы опять выберите в списке мастер "intec.universe" и нажмите "Установить"
7. Далее проследуйте по шагам мастера (Выберите сайт, который будете обновлять) до шага "Режим установки"
8. На шаге "Режим установки" выберите обновления, дальнейшие действия мастер проведет сам
9. После завершения мастера шаблон сайта будет обновлен, а недостающие файлы публичной части будут созданы
10. Сбросить кеш на всем сайте (Администрирование - Настройки - Настройки продукта - Автокеширование - Очистка файлов кеша - Все)
11. Обновление завершено
Так же что бы при обновлении не дублировались Инфоблоки необходимо снять отметку чек-бокса Импортировать инфоблоки (если не существуют)
на четвертом шаге